Николай Евгеньевич Ончуков родился в Сарапуле Вятской губернии 3 марта 1872 года в купеческой семье.
По окончании школы лекарских помощников в 1893 году Николай Евгеньевич служил фельдшером в Казанской, Вятской, Пермской губерниях, где и заинтересовался бытом народа.
В 1894 году он поступил на службу в больницу пересыльной тюрьмы в Перми, но за передачу политическим заключенным писем, книг и прочего он был уволен со службы и отдан под надзор жандармской власти.
Уже в это время Николай Евгеньевич начал собирательскую деятельность и сотрудничество с областными газетами и журналами «Пермский вестник», «Сын Отечества», «Краеведение», «Живая старина». В 1898 году, оставив медслужбу, перебрался в Петербург, где занялся журналистской работой.
Летом 1900 год он отправился в свою первую экспедицию по Чердынскому уезду Пермской губернии. Результаты поездки были отражены им в очерке «По Чердынскому уезду».
За представленный этнографический материал Н.Е. Ончуков был избран членом-сотрудником Географического общества и награжден серебряной медалью Императорского русского тгеографического общества. В марте 1901 года был признан членом-сотрудником ИРГО, а также стал участником фольклорно-этнографического кружка, который группировался вокруг журнала «Живая старина».
По заданию императорского русского географического общества Николай Евгеньевич продолжал ездить в экспедиции: 1901-1902- в низовую Печору, 1903-в Поморье, 1904 – в Олонецкую губернию, 1907 – в Архангельский и Онежский уезды Архангельской губернии. В 1903 году окончил Археологический институт в Санкт-Петербурге.
В 1908 году в «Записках Русского географического общества» опубликованы «Северные сказки», собранные ученым во время поездок по разным районам русского Севера.
Волею судьбы Ончуков был заброшен в Сибирь. В 50 лет он поступил на исторический факультет Иркутского университета, после окончания которого работал преподавателем Пермского университета. В 1925 году Н.Е. Ончуков продолжил педагогическую деятельность в Ленинградском университете. Читал курсы по фольклору и вел семинарские занятия, продолжал экспедиционную работу по Уралу, не терял связи с Сарапулом.